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Des saumons et des gènes

Publié en ligne le 27 septembre 2006 - Écologie
par Isabelle Burgun

Il a suffi d’un quart de siècle de sélection artificielle pour modifier considérablement le patrimoine génétique du saumon d’Atlantique. Ceux d’élevage sont aujourd’hui bien différents des individus qui naissent en eaux libres.

« Les différents régimes de sélection ont transformé les saumons en seulement 5-6 générations » explique Louis Bernatchez, chercheur au Centre interuniversitaire de recherche sur le saumon atlantique (CIRSA) 1. Ce groupe de recherche a d’ailleurs fait le point sur l’état de ce gros poisson migrateur – quelle est exactement la proportion du génome qui a changé – dans le cadre d’un colloque du dernier congrès de l’ACFAS ("Des saumons et des hommes").

Une transformation génétique que le chercheur juge inquiétante, surtout lorsque s’échappent annuellement un si grand nombre de saumons d’élevage. « L’hybridation, si elle survient, pourrait affecter l’intégrité génétique des populations sauvages », s’exclame le titulaire de la Chaire en gestion génétique des ressources dulcicoles à l’Université Laval.

Les chercheurs ont comparé 3557 gènes, soit près de 10 % du patrimoine génétique des populations de saumons domestiques et sauvages du Canada et de Norvège, élevés dans des conditions similaires. Ils ont découvert une variation comprise entre 1,4 % et 1,7 % de l’expression des gènes chez les jeunes saumons. C’est significatif : « nous avons dépassé le seuil statistique (qui différencie) deux populations. Cela pourrait représenter 400 à 500 gènes modifiés sur l’ensemble du génome. »

De plus, « près de 20 % des gènes étudiés sont surexprimés ou sous-exprimés, c’est loin d’être négligeable ». Enfin, les chercheurs ont constaté des changements majeurs sur un groupe fonctionnel de gènes, celui du métabolisme énergétique. « La sélection artificielle vise la croissance, c’est pourquoi nous nous sommes penchés sur ce groupe-là ». Et les changements génétiques pourraient avoir des conséquences inattendues sur des fonctions essentielles de ce poisson, comme l’adaptation à l’environnement.

Le risque des évasions

Deux millions de saumons domestiques s’échappent annuellement dans l’Atlantique Nord où ils risquent de frayer avec des saumons sauvages. Les scientifiques s’en alarment puisque cette hybridation pourrait être défavorable aux saumons indigènes. « Même si seulement 10 % de ces saumons peuvent s’hybrider – sur une population mondiale estimée à quatre millions d’individus – ce n’est pas trivial », relève Louis Bernatchez. Dans de petits affluents de la Baie de Fundy ou certaines rivières localisées de Norvège, des relevés enregistrent déjà des taux d’hybridation entre 20 et 40 %.

Il n’y a pas d’élevage de saumons au Québec, et comme on sait que les individus remontent les rivières vers le point de leur naissance, il y a ainsi peu de chances que les populations québécoises soient directement touchées par l’hybridation. Malgré tout, « à long terme, ce phénomène augmente le risque de voir disparaître le saumon sauvage ».

La population de saumons, on le sait, affiche un sérieux déclin. Les causes sont multiples, depuis les aménagements des rivières (des barrages principalement) qui empêchaient les saumons de remonter aux zones de reproduction, jusqu’à la pêche océanique et au braconnage. Les changements climatiques et la perte des habitats agissent aussi fortement sur cette décrue. Si bien que la politique de conservation sur le saumon sauvage – qui datait de 1986 – a été revue en 2004 dans le but de rétablir une population de saumons indigènes. Des projets d’ensemencements (comme celui du CIRSA) visent aussi à regarnir nos rivières de ces gros migrateurs frétillants.

Le saumon atlantique mesure en moyenne 60 cm, pèse près de 3 kg et présente un corps aplati, une tête pointue aux dents bien développées. Il s’agit d’un carnivore et la diminution de ses proies – soumises à la pêche atlantique – peut l’affecter. Les jeunes saumons passent près de deux années en eau douce avant de rejoindre la mer. Leurs premières semaines de vie sont donc cruciales et ce sont elles qui ont été étudiées par le CIRSA. « Beaucoup de choses se décident à cette étape, comme le potentiel de croissance ou les stratégies de reproduction », annonce Louis Bernatchez.

Alors que les modifications génétiques prennent généralement des milliers de générations, le saumon montre un changement notable de son génome après seulement 5 à 7 générations d’élevage. Encore 25 ans, et les hybrides auront remplacé les saumons « authentiques ». Il en résultera une perte des gènes qui permettent de s’adapter aux milieux naturels – que ce soient les rivières du Québec ou de Norvège.

Home Sweet Home

Un endroit où le courant s’écoule à 40 cm/seconde, avec des roches grosses de 20 à 30 cm, une profondeur moyenne de 40 cm et un bon substrat, voilà le type d’habitat préféré du saumon atlantique lorsqu’il fraie en rivière. « Nous avons remarqué que cette combinaison particulière s’avère très appréciée », relève Daniel Boisclair, chercheur du Centre interuniversitaire de recherche sur le saumon atlantique (CIRSA).

Connaître les habitats naturels du saumon de l’Atlantique pour mieux les préserver est la piste de recherche du biologiste Daniel Boisclair. En compagnie de ses étudiants, Marie-Eve Bédard et Istvan Imre notamment, il plonge dans les eaux froides de la rivière Sainte-Marguerite, au Saguenay. De nuit, car les jeunes saumons s’activent beaucoup plus entre 22 heures et 2 heures du matin.

Ensablement, déchets de la coupe forestière ou pollution agricole : différentes perturbations écotoxicologiques viennent noircir le portrait des rivières. Toutes ces substances acides et autres agents chimiques affectent la physiologie du saumon. Pour déterminer les qualités d’un bon habitat, l’équipe dotée de palmes évalue la densité de saumon et divers indicateurs environnementaux (colonne d’eau, qualité du substrat, etc.). Un modèle mathématique a été construit afin d’identifier les endroits à protéger au sein des rivières. « La rivière est un milieu hétérogène. Nous établissons une sorte de carte de qualité avec différentes zones. Les bons endroits ne représentent qu’environ 5 % de la rivière », explique le biologiste.

Lorsque surgiront des projets d’infrastructures (routes, ponts, etc.), cette carte permettra de trancher entre deux projets équivalents... dans l’intérêt des poissons. « C’est primordial dans le contexte actuel de diminution de la population de saumons. »

Le nombre d’adultes qui remontent les rivières vers leur lieu de naissance s’avère en effet en diminution constante. Moins d’adultes engendrant moins de jeunes, la solution, déjà amorcée, reste d’ensemencer les cours d’eau avec des œufs. Mais l’élevage ne doit pas remplacer la population sauvage et pour cela, les habitats doivent être conservés en état. « Je suis un vieux romantique. Je mange du bœuf mais j’aime savoir qu’il reste des bisons sur notre planète. Consommons du saumon d’élevage mais protégeons la population sauvage » dit le biologiste. Ce qui ne peut se passer d’un respect des écosystèmes.

1 Centre interuniversitaire de recherche sur le saumon atlantique (CIRSA).


Mots-clés : Écologie


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